Windows の起動時に、デスクトップ版アプリを自動起動しない方法は?

Windows側で起動時に立ち上げる設定になる仕様です。

Windoesのスタートメニュー/スタートアップにChatWorkの項目が含まれますので
Windowsの設定をご確認ください。

なお、windows 8,10において、
タスクマネージャー > スタートアップ内にChatWorkの項目が見つからない場合、
スタートアップ内のUpdateという項目をクリックするとChatWork desktop application
が表示されている場合もあります。その場合は、Updateという項目自体を無効にしてください。