Windows の起動時に、デスクトップ版アプリを自動起動しない方法は?

Windows側で起動時に立ち上げる設定になる仕様です。

恐らく、スタートメニューに含まれているかと存じますので
Windowsの設定をご確認ください。

Windows 7 の起動時に、自動的に起動されるプログラム (常駐プログラム) を起動しないようにする方法

windows 8,10のスタートアップの有効・無効(削除)の設定方法
※タスクマネージャー > スタートアップ内にChatWorkの項目が見つからない場合、
 スタートアップ内のUpdateという項目をクリックするとChatWork desktop application
 が表示されている場合もあります。その場合は、Updateという項目自体を無効にしてください。