Keynoteのファイルは、ファイル形式によってアップロードできない場合があります。

ファイル形式の確認は、Finderで該当ファイルをCtrl + クリックしてメニューを開いていただき
「パッケージの内容を表示」という項目があるかご確認ください。

参考画像：
http://gyazo.ecstudio.jp/pic/dat/5j5PqIXf4C1XminkAXvXPfUWsZPVVneW

こちらの項目があるファイルは、フォルダ構造のファイルとなるため
そのままではWebへのアップロードはできません。

アップロードする場合は以下のいずれかの方法をお試しください。

各バージョン共通

Keynoteのファイルをzip圧縮してからアップロードしてください。

Keynote 最新版（バージョン6以降）の場合

以下の方法でファイルを旧形式で書き出してください。
ファイル ＞ 書き出し >　Keynote '09

Keynote '09（バージョン5以前）の場合

ファイルを保存する前に、以下の設定を変更してください。

Keynoteの環境設定 ＞ 一般 ＞ 新しい書類をパッケージとして保存　のチェックを外す。