フリープランの利用途中でアップグレードできますか?

はい、可能です。

フリープランでご利用のデータは、ビジネスプラン、エンタープライズプランへそのまま引き継ぐことが可能です。
ただし、アップグレード後、ダウンロードはできませんので、ご注意ください。

ご参考:プラン変更時のデータ引き継ぎについて